مرضیه افخم، سخنگوی وزارت امور خارجه ایران گفته است که جمهوری اسلامی ایران امضای موافقتنامه امنیتی بین افغانستان و آمریکا را برای مصالح دراز مدت افغانستان مفید نمی‌داند.خانم افخم همچنین افزوده است که امضای این موافقتنامه تاثیرات منفی بر روند موضوعات منطقه‌ای دارد.سخنگوی وزارت خارجه ایران که در نشست هفتگی خود با خبرنگاران صحبت می‌کرد، در جواب به خبرنگار مهر در مورد موافقتنامه امنیتی میان افغانستان و آمریکا گفته است که ما نظرات خود را به دولت افغانستان منتقل کرده ایم و امیدواریم تصمیم نهایی در افغانستان با مصالح درازمدت ملت افغانستان همراه شود.ایران همواره از حضور نیروهای خارجی در افغانستان ناراضی بوده است و بارها افغانستان را کشور 'اشغال شده' خوانده است.حامد کرزی رئیس جمهوری افغانستان در سخنان خود در مراسم گشایش لویه جرگه نیز گفته بود که او با کشورهایی زیادی از جمله روسیه، عربستان سعودی، ترکیه، هند، پاکستان و ایران رای زنی کرده و از این میان تنها مقام‌های ایران با صراحت گفته اند که مخالف امضای این موافقتنامه اند اما به خواست مردم افغانستان احترام می‌گذارند.در حالی که سخنگوی وزیر خارجه ایران امضای این سند را در درازمدت به نفع افغانستان نمی‌داند، اما روز گذشته هوشیار زیباری وزیر خارجه عراق در سفر به کابل گفت، تجربه های کشورش در مبارزه با تروریسم را با افغانستان شریک کرده و به نظر او افغانستان به حمایت درازمدت آمریکا نیاز دارد و امضای موافقتنامه امنیتی به نفع افغانستان است.چند روز پیش حامد کرزی، رئیس جمهور افغانستان در لویه جرگه مشورتی که به منظور بررسی موافقتنامه امنیتی دو جانبه از سوی آقای کرزی فرا خوانده شده بود گفت که ایران تنها کشوریست که مخالف امضای این موافقتنامه هست.موافقتنامه امنیتی دوجانبه میان افغانستان و آمریکا بخشی از پیمان استراتژیک افغانستان با آمریکا است و حضور نیروهای آمریکا را در افغانستان بعد از سال ۲۰۱۴ برای ده سال دیگر مشخص می‌کند.در بیشتر از یک سال گذشته کار روی این موافقتنامه جریان داشت و مذاکرات دو طرف همواره پرتنش بود.دو هفته قبل، لویه جریه مشورتی از آقای کرزی خواست تا به زودترین فرصت این موافقتنامه را امضاء کند.آقای کرزی شرایط جدیدی را برای امضای این موافقتنامه مطرح کرده است که قطع عملیات شبانه بر خانه‌های افغان ها یکی از آن شرایط است.آغاز روند صلح افغانستان با طالبان و برقراری امنیت در افغانستان از شرایط دیگر آقای کرزی برای امضای این موافقتنامه هست.دولت آمریکا گفته است که هدف موافقتنامه امنیتی برقراری صلح در افغانستان است و آمریکا نمی‌تواند این روند را یک شبه طی کند.